ジョギングの衝撃が、膝に蓄積されてしまっている事が考えられますね。
大腿直筋を肥大させるトレーニングが必要かと思います。座ったままとか、寝ながら、大腿直筋に負荷がかかる様なトレーニングをしてみてください。

後、痛みを感じた時は、氷嚢(ナイロン袋に、氷と水)を入れてアイシングを小まめに行って欲しいです。寝る時は、冷シップをすると良いと思います。

実際のお身体を見ていないので、こんなことしか言えませんが、参考になればと思います。

日常生活の中で、運動量が少ないのではないでしょうか。後、食事の量や質や時間帯が気になります。

お手洗いに行く時とかに、肘が肩より上に行くことを意識しながら、毎回5〜10回ほど上げ下げしてみてください。

食事については、お米をよく噛んで食べて、味噌汁を毎朝飲んでみてください。
夏の食材であるキュウリやスイカは身体を冷やす性質が強いので、根菜類の人参やジャガイモなどの根っこのものを多めに食べみてください。

実際のお身体を見ていないので、ちゃんとした内容ではないと思いますが、参考になればと思います。