肩こりによってリンパが腫れるというのは、直接的な関係はあまりないと思います。

肩こりは、頚や肩周辺の筋肉や筋膜が、疲労の蓄積や
血行不良などで収縮したり硬直している状態です。

肩こりが起こると、血行不良になりやすいので、リンパの流れ自体が悪くなることは十分考えられます。
ですが、リンパが腫れるということは、リンパ管より、リンパ節が腫れている可能性が高いと思います。

リンパ節は、外部から入ってきた菌やウィルスを体の中心に至らないようにする関所の役目があり、手や足の外傷があっても腫れることがあります。

肩こり以外の原因も考えられますので、通院されるのでしたら病院をおススメします。

膝のどの部分が痛いかによりますが、伸ばした時に
痛みがあるという事ですので、膝と合わせて大腿部の
状態が気になります。

変形性膝関節症や鵞足炎、半月板損傷からタナ症候群まで膝の痛みの原因として考えられる疾患は多いですが、季節的な冷え込みにより大腿部の筋肉が冷えて硬直し膝関節に負担が生じて痛みを出していることも考えられます。

痛みの部位に腫れや熱感がなければ、大腿部から膝にかけて温めてあげると楽になるかもしれません。

もし、痛みが続いたり、他の症状が出るようであれば、整形外科や整骨院・鍼灸院・整体院への受診をオススメします。

原因として考えられるのは、手根管症候群と腱鞘炎
それに拇指球筋や拇指内転筋の硬直による神経痛です。また、頚の状態が原因である場合もあります。

普段から、筋トレを行っておられるということですので、手首から指にかけて負担が多く掛かっていると思われます。特に親指は他の指よりも負担が掛かりますので、疲労の蓄積として筋肉が固くなり神経を圧迫して痛みを発症させることもあります。
また、腫れや熱感などがあれば、弱い筋肉の損傷をおこしている場合もありますので、揉んだり、過度に温めたりしない様に気をつけて下さい。

通院されるのでしたら、整形外科か整骨院を、おススメします。