初めてこのサイトに登録、コメントをするので他の方々と書き方が違っていたらすみません。
肩甲骨周辺の筋肉や筋、背中が固まってしまう、とのことですが、そうなってしまう原因が複数考えられます。
①ストレートネックで背骨というか背骨の中を通っているゴムのような部分、脊髄が上方向に引っ張られてしまっていて、その影響で背中周りも影響を受け、常に緊張（上に引っ張られて硬い）状態になっている。
②骨盤が歪んでいる影響や身体の歪み、体全体の筋肉のバランスが歪んでしまっている影響なとから背骨も歪んでしまっている。背骨が歪んでしまっていると脳が体を支えるために背骨の両サイドの筋肉を硬くして体の軸を支えているため、結果として肩甲骨周りや背中全体が固まって感じる。そうなると筋肉が疲れからコリ固まっていることが原因ではないので、何度施術してもすぐに脳が元に戻そうとするから、すぐにまた硬くなってしまう。これに気づかず何度もマッサージなどでほぐすことを繰り返すと、脳が筋肉を硬くする信号を送る神経を痛めてしまい、筋肉を硬くすることができなくなってしまうため、背中はほぐれた感じになるけど大元が治っていないので、その結果は原因不明の内臓の疾患として現れてくる。
この場合は背骨の歪みをまっすぐにしてあげれば脳は自然と両サイドの筋肉で支える必要がないと判断し、自然と背中も柔らかくなります。
③ストレス。インド医学の7つのチャクラでいう第4チャクラ、ハートチャクラとも呼ばれる位置の後ろ側から邪気、ストレスが入り込んでくると言われているので、日々の人間関係や様々なストレスを受け、肩甲骨周りが硬くなってしまっている。
この場合はストレスの解消やお祓い、霊障も取ってくれる施術所に行くなどで快復。
④前述の第4チャクラについて、人間は口呼吸、鼻呼吸だけではなく皮膚の汗腺？などからも皮膚呼吸をしているのですが、第4チャクラの後ろ側の場所の経穴が詰まってしまっている。呼吸で例えると吸い込むことは出来ているが吐き出すことができていない状態。
このチャクラの詰まりを調えてあげるだけでも、その部位が受けているストレスが減って柔らかくなったりもします。
⑤肩甲骨の当たりの背中、とのことなので、じん臓の働きが落ちてしまっている可能性もあります。
体温が下がっている時、胃腸が冷えている時、血流が悪くなってしまっているときなど、人間、一番最初にやれれるのがじん臓。その次に肝臓がやられる。だから「肝腎要」。肝臓と腎臓が大事、と言われる。
なので腎臓の働きを回復させてあげないと、根本的な解決には至れません。
他にも様々な原因と解決策、普段からのセルフメンテナンスの方法がありますが、文字にすると長くなりすぎるので、これらの説明ができる治療院や施術所を探して行ってみるとよいと考えます。

推測の話になりますが、まず体が運動量に慣れていない状態から運動をスタートしたため、体の適応が追い付かずに走り方や歩き方、姿勢などのクセから、どちらかの足首などに負担がかかり、炎症として痛めてしまったのではないでしょうか。
そうなると痛みの自覚が無くても脳はそこをかばう姿勢を取ろうとするので、別の部位にかかる負担が増えます。
そしてそこも身体の適応や負担を支えるための筋肉量が追い付く前に普段以上の負荷がかかれば痛めてしまうことになりますので、脳はそこもかばって他の部位で体のバランスを取ろうとします。
それが積み重なって足のふくらはぎに違和感を感じたり、足首に違和感を感じたりしている、という可能性も考えられます。
痛めて1，2週間程度なら、急性としてその部位が原因として考えられるのですが、3か月以上経っているのであれば、慢性として痛みのある部位とは別の所に大元の痛みの原因があることが多いので、もし治療施設に通うのであれば、根本治療を行ってくれる腕のいい治療家の先生を探してみるとよいかと思います。
自分でできることとして、痛みのある時は安静に、痛みのある時は伸びる包帯ではなく伸びない包帯で痛む足首直を固定しておくとよいそうです。
他にはスパイラルテープ、という治療法の本を買って自分で専用のテープを買って作って痛い所に貼ってみる、というのも1つの手だと思います。
早くよくなることをお祈りしています。

PCであれば、ブルーライトカットの無料ソフト「f.lux」がインストール型で常時起動型ですがお勧めです。
PCの仕事をしている人たちがこれを導入してから、1時間で目が痛くなっていたのが10時間以上画面を見続けても目が痛くなくなった、と話していました。

またブルーライトについては、スマホやPCだけではありません。
スマホの画面シールでもせいぜいが15％カット、の程度で100％カットの商品は無いはずなので、スマホのブルーライトカットシートは気休め程度にしかなりません。
スマホやPCを見る時は、できるだけ画面から顔を離して見る。
他にも家の中でもLEDの白い電球なども強いブルーライトを発しているので、すべて白熱電球に取り換える。
車のライトも今ではLEDで白い強烈な光を発するので、対向車の明かりが目に入るだけでもブルーライトに目がやられます。
私も昔は眼医者に定期的に通って、ドライアイ用の目薬を処方してもらっていましたが、目薬に入っている防腐剤が目の涙腺というか涙袋のところに溜まってしまうと、失明の危険性が高まる、という話を聞いてから、目が疲れたら目薬ではなくただの水道水で目を濡らすだけ、に変えました。
それでも目薬を注したのと同じ状態になるので、わざわざ眼医者で目薬を処方してもらわなくても、私はこれで充分かと感じました。
なので目を守るために、できるだけ目薬を使わない。
普段からできるだけ眼鏡の上からでもかけられるタイプのブルーライトカット眼鏡も使用する。
それが面倒なら、東京の眼医者に紹介した時に患者さんには出せないけど自分はこれを取る、と言わしめた「ルテイン（＋ゼアキサンチン）」が効果が出るまでの量が含まれたサプリメントを取り続ける。
目に良いとされるルテインについて、多数の論文が出されていますが、査読付きで効果が確認されている物は1社だけですので。
他は全てニセモノ・・・とまでは言いませんが、効果が出るほどの量が入っていないのでお気を付けください。
「ケミン社」「ケミンジャパン」の会社、グローラフローのロゴが印字されたサプリメントであれば、その会社で効果がある量まで含まれているそうです。
この会社のマネージャーの医師や製薬会社向けのセミナーに参加したことがありますが、この会社のルテインであれば、社会的失明、と診断される手前の状態までであれば、この成分で改善できる、とのことでした。
なので決して安いものではありませんが、ダメ元で探してみてもし見つかれば3か月取り続けてみると、効果を実感できるかもしれません。

まず、100歳になっても自然治癒力が働く限り、体には自分自身で治す力と働きはあります。
少し無理をする、使いすぎる、とのことですが、少しとはどの程度なのか、どんな動きをして、腰にどんな負荷をかける、毎日どんな姿勢が多い、どんな仕事内容、仕事以外でもどれだけ電磁波を浴びているか、過去にどんな経験をしたか、などによっても自覚症状の原因は変わってきます。
現代社会では携帯電話や電子機器、無線Wi－Fiなどが飛びかっているので、気づかないうちに電磁波を大量に浴びている、という方も多く、夜寝る前に頭付近に携帯電話を置いたり、電源コンセントに差し込まれたものが枕元の近くにある、という場合でも寝ている間も電磁波を浴び続け、朝起きても疲れが取れなかったり、という方も多いです。
痛みがある時に安静にしているのは大事なことです。
ただ腰痛がどこ（根本原因の場所）から影響を受けているかを見つけ出さないことには、根本から痛みを取ることは出来ませんし、表面的に痛みを軽減できても根本が治っていなければまた近い内に再発します。
座っている時によく足を組んでしまう、という場合は骨盤が左右で歪んでおり、その影響で背骨も歪み、腰に来る。
もも裏などの筋肉がよくつる、という場合は水分不足、ミネラル不足、循環系が悪くなっている可能性もあり、緊張した筋肉が腰回りの筋肉や骨などを引っ張ってしまい、腰に来る。
ストレートネック、歯のかみ合わせが悪い状態から、筋肉や神経などが体の上部に引っ張られ続け、その結果として腰に来る。
身体の重要な7つのチャクラ、その中でも第2チャクラの後ろ側の場所がちょうど腰まわりにあるため、ここのチャクラが閉じている（体内に取り込む方か排出する方が詰まっているか）時に、腰痛が出やすい。逆に腰が痛い時にここを施術するだけでも痛みが軽減する場合も多い。
など、様々な原因が考えられ、どの原因が関係しているかによって根本治療の解決策も違ってくるため、1つに絞ってどれ、と言い切ることはできません。
そして背骨の歪み、ズレといっても病院の検査は正常の範囲から外れないと異常なし、と見られるのと、西洋医学では微差のズレまでは言及されていないため、病院でレントゲンを撮っても大きくズレていないと異常なし、と診断されます。
しかし脳は0.1mmのズレでも異常を感じてそこを守ろうと働く、ほどに繊細であるため、そのほんの少しのズレを正すことができる治療家の先生もそんなに多くないと思われます。
なので有名どころで探すなら、背骨の歪みを取りたいのなら上部頸椎カイロプラクティックの看板を出しているところ（施術に失敗すると全身麻痺、半身麻痺の可能性もありますが）に通ってみるのもありかと思います。
またそこまでいかなくても骨盤矯正、背骨矯正、をうたっている施術所に行ってみるのもありかと思います。
または当店のように脳に直接アプローチできる施術法ができる治療家の所か。
急性の痛みでない限りはシップや痛み止めの薬、注射などで痛みの信号を止めてしまうと、我慢できない時は楽になれるのですが、脳からの自然治癒力の働きまで止まってしまう可能性もあるため、注意が必要かと思います。

医師にも原因が不明、ということは病院の検査では測定できないもの、または正常値の範囲内でも脳が異常を感じているものの積み重ね、という可能性も考えられます。
デスクワークをしている、ということなので、電磁波の影響を強く受けているかもしれません。
電磁波の影響が積み重なって体内のプラス電荷とマイナス電荷のバランスが崩れ、プラス寄りに固定されてしまい、常に帯電したまま体外に放電しにくい状態になっている、とか。
そんな時は外の土の上に裸足で立ち、体の電気を抜いてあげる。
また電磁波カットのグッズを身につける、PCやスマホなどにブルーライトカット処理をする。
また寝る前に枕元から電源コンセントや携帯電話などを遠ざける、など。
これは多数ある原因の中の1つの可能性、としての味方なので、他にも複数の原因、対応策があると考えられます。
他は書くと長くなるので、他の方々のアドバイスも参考にしていただくとよいかと思います。