膝の痛みがあると、動くのも億劫になり、生活も大変ですよね。
長時間の正座で膝が痛むようであれば、とうやさんが思われているように軟骨の原因もあるかもしれませんが、軟骨以外の原因も考えられます。

長時間座った後などの、動き出しで痛みがでる際には、膝周囲筋などの軟部組織の硬さが原因で痛みがでる場合もあります。

まずは、朝や夕方に大腿四頭筋やハムストリングスのストレッチを重点的に行うことをおすすめします。ストレッチに慣れてきたら、お尻まわりなど、他の関節まわりのストレッチをおこない、全身のストレッチをすると効果的かと思います。

筋肉のストレッチでも改善しない場合は、筋肉や軟部組織以外の原因が考えられるため、整形外科の受診をおすすめします。

マラソン後など、ある特定の動作後に痛みが出るのであれば、マラソンによるメカニカルストレス(腰部への負担)が要因になっている可能性が高いと思われます。

腰を過度に反りすぎて走っている(長距離で疲れてくると反りやすいです)。過度に腰を捻って走っているなど、腰の関節(椎間関節)や腰まわりの筋肉に過度に負担がかかってしまっているかもしれません。

マラソン自体はからだにいい有酸素運動ですが、負荷が強すぎるとかえって、逆効果になってしまいます。

腰の痛みがおさまっているのであれば、距離を短くして負荷を少なめにして、フォームを確認しながら腰痛の有無を確認することをおすすめします。

リハビリについては、病院間や担当するセラピストによって、かなり差があります。効果の高いリハビリであれば、１ヶ月もあれば効果を実感できると思いますが、現在、痛みが少し落ち着いているようであれば、まずはご自分でできるストレッチや軽負荷の有酸素運動(会話しながらできる運動レベル)を行ってみてはいかがでしょうか？
ストレッチは、殿部筋やハムストリングス筋、大腿四頭筋などを重点的におこないましょう。

２週間ほどしても、痛みが強いようであれば、整形外科の受診をおすすめします。